1907 m. miesto valdžia paskyrė sklypą bažnyčiai statyti. 1911 m. prasidėjo statybos darbai, vadovas – Šv. Rapolo parapijos klebonas kun. Janas Adamovičius. Bažnyčia romėniško kryžiaus formos, 50 m ilgio, 32 m pločio, 23 m aukščio.

Bažnyčia šviesi, trinavė, didžioji nava aukštesnė, su papildoma ovalinių langų juosta. Pusapvalės apsidos sienoje – oreljefinė Vilniaus panorama. Aukštai apsidos viduryje – bažnyčios titulo, Švč. M. Marijos Nekaltos Prasidėjusios, statula, o žemiau, ant Paskutinės vakarienės skulptūrinę grupę gaubiančios atbrailos – Švč. M. Marijos gimdytojų – Šv. Joakimo ir šv. Onos statulos. Bažnyčioje yra nemaža religiniu ir meniniu požiūriu vertingų paveikslų. Bažnyčia pasižymi puikia akustika, yra dideli vargonai. Jaukumo, šiltumo įspūdį didina medinės grindys.