Vienuoliai trinitoriai atvyko į Vilnių 1693 m. Jų ir Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės etmono bei Vilniaus vaivados Kazimiero Jono Sapiegos iniciatyva Išganytojo bažnyčia 1694-1717 metais pastatyta priemiestinės Sapiegų rezidencijos teritorijoje. 1700-1705 metais bažnyčios dekoravimo darbus prižiūrėjo (ir pats dekoravo) skulptorius Pietro Pertis. Bažnyčia Švč. Atpirkėjo Jėzaus Nazariečio titulu pirmą kartą konsekruota 1716 m. Kitą dieną į bažnyčią įnešta Jėzaus Nazariečio skulptūra, užsakyta pirmojo vienuolyno viršininko ispano kun. Juozapo ir K. J. Sapiegos lėšomis pagaminta Romoje pagal Madride saugotą stebuklingą Ecce Homo skulptūrą. 1700 m. pasiekusi Vilnių ši skulptūra kurį laiką buvo laikoma vienuolyno koridoriuje, tačiau jau XVII a. pabaigoje trinitorių Generalinė kapitula buvo nusprendusi statyti tokias skulptūras visų trinitorių bažnyčių didžiuosiuose altoriuose. Matyt, todėl ir Vilniuje ji netrukus perkelta į didįjį altorių.

Vienuolyno namai pradėti statyti 1694 m., baigti XVIII a. pradžioje. Kol buvo statoma bažnyčia, 1694 m. vienuolyno koridoriuje buvo įrengta koplyčia. Keturi dviaukščiai korpusai supa keturkampį uždarą kiemą, ant pietinio korpuso vėliau užstatytas mezoninas.Bažnyčios dekoravimo darbai trinitorių pastangomis baigti tik XVIII a. II-oje pusėje. 1734 m. rūsyje įrengtos kriptos, 1744 m. pastatytas A. Sapiegos antkapinis paminklas. XVIII a. II-oje pusėje prie bažnyčios fasado pristatyti du bokštai. 1756 m. Vilniaus vyskupas Tomas Zenkavičius šventovę dar kartą konsekravo Švč. Trejybės, Švč. Atpirkėjo Jėzaus Nazariečio ir Švč. Mergelės Marijos gimimo titulu. XVIII a. pabaigoje tris paveikslus bažnyčios altoriams nutapė Pranciškus Smuglevičius. 1838 m. trinitoriai savo lėšomis atnaujino visą bažnyčią.XVII a. pabaigoje atvykę į Vilnių trinitoriai buvo reformuoto trinitorių ordino ispaniškosios atšakos atstovai. Jie pirmiausia užsiėmė misijų veikla. Tikinčiuosius į šią bažnyčią labiausiai traukė stebuklais garsi Jėzaus Nazariečio skulptūra, kurios kultą trinitoriai uoliai platino kiekvieną gegužės penktadienį vykusiose iškilmingose pamaldose. Nuo 1711 iki 1787 m. vienuolynas gavo daug popiežių indulgencijų, suteikiančių atlaidus aplankiusiems bažnyčią ir stebuklingąją Jėzaus statulą.XVIII a. vienuolyne veikė ordino kolegija. Yra išlikę joje dėsčiusių trinitorių filosofijos paskaitų rankraščių. Nuo 1726 m. prie vienuolyno veikė parapinė mokykla.

1864 m. bažnyčia paversta Šv. Mykolo Arkangelo cerkve. Pašalinti nišose buvę šeši šoniniai altoriai, puošni rokokinė sakykla ir A. Sapiegos paminklas, taip pat ant nišų archivoltų buvusios skulptūros. Bažnyčios priekyje pristatytas lakoniškų formų tambūras, perdirbtas kupolo žibintas ir bokštų šalmų forma. Vienuolyne tuo metu įsikūrė kareivinės. 1919 m. bažnyčia priskirta Lenkijos kariuomenės ligoninei, o vienuolyno pastatai 1924 m. pritaikyti Universiteto klinikoms. 1940 m. didžiajame altoriuje pastatyta anksčiau čia buvusios Jėzaus Nazariečio skulptūros kopija. Nuo 1993 m. vienuolyno ansamblyje veikė Vilniaus kunigų seminarija, o 2000 m. čia įsikūrė Šv. Jono brolių ir seserų Šv. Jono Teologo vienuolynas.

Architektūra ir išlikę jos dekoro fragmentai primena šios Lietuvoje retos vienuolijos dvasinę tradiciją ir liudija aukštą šventovės fundatorių meninės kultūros lygį. Vėlyvojo baroko stiliaus centriško plano bažnyčia įdomi savo architektūros sprendimu ir plastiniu dekoru, kuriančiu jaukų ir harmoningą interjerą. Pagrindinio bažnyčios fasado svarbiausias dekoratyvinis akcentas – dvigubas frizas, papuoštas turtingu reljefiniu ornamentu su virš portalo įkomponuota skulptūrine grupe, simbolizuojančia trinitorių veiklą (reljefas vaizduoja du krikščionis karius, patekusius į kitatikių nelaisvę, ir juos raminantį angelą).

Interjeras sužavi stiuko lipdinių dekoru: kampiniai tribriauniai piliastrai užbaigti puošniais korintiniais kapiteliais, sienas viršuje juosia platus antablementas su turtingai ornamentuotu frizu, aštuonkampio kupolo apačioje, kampuose įkomponuoti Kristaus kančios simbolius laikantys angelai.

Trinitorių paveikslai ir skulptūros išblaškyti po kitas bažnyčias. Stebuklinga laikoma Ecce Homo skulptūra išliko netoliese esančioje Šv. Petro ir šv. Povilo bažnyčioje. Lietuvos dailės muziejaus saugyklose yra keletas bažnyčios altorinių paveikslų, tarp jų ir trinitoriaus tapytojo Johanno Prehtlio sukurtas palaimintojo Mykolo de Sanctis atvaizdas, P. Smuglevičiaus nutapytas paveikslas, vaizduojantis Švč. Trejybę garbinančius trinitorius. Vilniaus katedroje (Tremtinių koplyčioje) šiuo metu yra įspūdingas XVII a. II-osios pusės Nukryžiuotasis, buvęs viename šoniniame trinitorių bažnyčios altoriuje.