Muziejus įkurtas XX a. ketvirto dešimtmečio name Tauro gatvėje. Šiame name 1940-1944 m. gyveno su universiteto veikla susiję žmonės: Mykolas Biržiška, Konstantinas Jablonskis, Vincas Krėvė, Vytautas Landsbergis-Žemkalnis, Vincas Maciūnas, Georges Matoré, Balys Sruoga ir kt. 1944 m. rudenį buvusiame V. Krėvės bute pirmajame aukšte apsigyveno V. Mykolaitis-Putinas. Name dar gyveno: literatūrologas K. Korsakas, chemikas K. Daukšas, filosofas Eugenijus Meškauskas, teisininkas Juozas Bulavas, operos režisierius Antanas Zauka. Balio Sruogos bute kurį laiką gyveno rašytojas Kazys Boruta su muzike Jadvyga Čiurlionyte, psichologas A. Gučas. Pirmojo aukšto bute iš kiemo pusės yra gyvenusi muzikologė Ona Narbutienė su mama ir senele, 1947 m. išvežtos į Sibiro tremtį. Tame pačiame bute 1974 m. buvo apsistojusi rusų disidentė, poeto Osipo Mandelštamo našlė Nadežda Mandelštam, o 1975 m. – žymus kovotojas už žmogaus teises Andrejus Sacharovas, atvykęs į disidento Sergejaus Kovaliovo teismą. Į antrojo aukšto 3 butą V. Mykolaitis-Putinas persikėlė po B. Sruogos mirties ir praleido dvidešimt gyvenimo metų, ištisą savo vėlyvosios kūrybos laikotarpį. Jame atkaklių kultūrinės visuomenės pastangų dėka, įveikiant rašytojo asmenybei reiškiamą nepalankumą, 1981 m. įkurtas ir 1986 m. pradėjo veikti muziejus.

Muziejuje sukaupta apie 5000 eksponatų. Rinkinį sudaro autentiški rašytojo V. Mykolaičio-Putino baldai, asmeniniai daiktai, knygos, paveikslai, taip pat įvairi medžiaga, susijusi su rašytojo kūryba, gyvenimu ir asmenybe. Čia saugoma didžioji rašytojo bibliotekos dalis – 2877 vnt. Tai paties V .Mykolaičio-Putino knygos, jų vertimai į kitas kalbas, įvairūs lietuvių ir užsienio rašytojų kūriniai, periodikos leidiniai, žodynai, įvairaus profilio meno bei filosofijos, estetikos studijos, antologijos, albumai ir kt. Yra knygų su V. Mykolaičio-Putino pastabomis, pabraukymais, su jam dovanotų knygų autorių įrašais. Muziejuje yra 184 dailės kūriniai. Tai rašytojo turėti bei muziejaus sukaupti darbai (skulptūra, tapyba, grafika, knygų iliustracijos). Trijuose memorialiniuose kambariuose (kabinete, svetainėje ir miegamajame) atkurta autentiška aplinka. Baldai, knygos, paveikslai rodo intelektualiai turtingą rašytojo namų atmosferą.