Dzūkijos pavadinimas pradėtas vartoti tik XIX a. Jis kilo nuo dzūkų tarminės ypatybės dzūkuoti, t. y. tarti „c“ ir „dz“ vietoj „t“ ir „d“. Tačiau Dzūkija turi ir kitą savo krašto vardą – Dainava, kuris yra siejamas su vėlyvajame geležies amžiuje dešiniajame Nemune krante ir Merkio baseine gyvenusia jotvingiams priklausiusia dainavių gentimi. "Terra Deynowe" (Dainavos žemė) pirmą kartą paminėta 1253 m. karaliaus Mindaugo donaciniame akte Livonijos kryžiuočiams. Dainavos pavadinimą XX a. ypač išpopuliarino Vincas Mickevičius-Krėvė.

Dabartine Dzūkijos sostine tituluojamas Alytus. Tačiau nuo seniausių laikų Dzūkijoje svarbus ekonominis, kultūrinis, teritoriją administruojantis ir organizuojantis centras buvo ir Merkinė. Trakų vaivadijai priklausė Alytaus ir Merkinės vėliavos, pagal kurias skirstėsi šių apylinkių bajorai karo atveju. Alytaus vaidmenį padidino XVI a. įkurta Alytaus ekonomija, taip pat 1775 m. iš Trakų ir Merkinės į Alytų perkelti pavieto teismai. Nuo XIX a. politiškai, ekonomiškai, administraciškai ir kultūriškai pradėjo dominuoti Alytus, vėliau susiformavo mažesnieji Dzūkijos centrai – Varėna ir Lazdijai.

Ledynmetis paliko žinomuosius Dzūkijos smėlynus ir kalvynų ežerus, kurių virtinė nusidriekia nuo Lazdijų ir Veisiejų (pro didžiuosius Dusios ir Metelių ežerus, pro Daugų ežeryną) iki Trakų. Piečiau žymiausios dzūkų upės Merkio smėlingoje lygumoje stūkso didžiosios Dzūkijos girios, kurios tęsiasi nuo Kapčiamiesčio pro Druskininkus ir Marcinkonis, Varėną ir Rūdninkus iki Vilniaus, o už jo stūkso Nemenčinės ir Pabradės miškai. Grybingieji pušynai, vaizdingieji kerpšiliai tarp Ūlos ir Katros upių apsupa garsųjį Čepkelių raistą – žmonių nepakeistos gamtos karaliją. Paupių smėlynuose kūrėsi seniausieji Lietuvos gyventojai, vėliau aukštumėlėse buvo įrengti piliakalniai, nuo Liškiavos ir Merkinės iki Punios ant aukštų Nemuno krantų rikiavosi pilių virtinė. Į regiono teritoriją patenka Trakai ir Vilnius, kurie žymėjo Lietuvos valstybės ištakas, juose pastatytos pirmosios svarbiausios Lietuvos mūrinės pilys. Medininkų aukštumose iškyla aukščiausios Lietuvos viršūnės – Aukštojo ir Juozapinės kalnai.