Zackagirio ir Grūdos santakoje bei prie Versminio ežero žmonės gyveno jau prieš kelis tūkstančius metų. Istoriniuose šaltiniuose ji minima jau 1637 m. Marcinkonys yra vienas iš didžiausių Lietuvos kaimų, kuriam pradžią davė miško žvalgų gyvenvietė. Ši gyvenvietė išaugo antroje XIX a. pusėje, nutiesus Varšuvos-Sankt Peterburgo geležinkelį. Nutiesus geležinkelį, prasidėjo miškų kirtimas. 1914 m. vokiečių okupacinės valdžios nurodymu nutiesta 28,5 km ilgio siaurojo geležinkelio atšaka nuo Marcinkonių į Katrą, kuriuo dardėjo gražiausios girios pušys ir eglės. Šio ruožo nutiesimas lėmė spartų kaimo augimą. 1912 m. Marcinkonyse buvo įsteigta nedidelė grybų džiovinimo įmonėlė. Grybai ir uogos šio krašto žmonėms visais laikais buvo pagrindinis pragyvenimo šaltinis.

Po I pasaulinio karo, kai pateko Lenkijos valdžion, kuriai priklausė 1920-1939 m., gyventojai buvo persekiojami už lietuvybės puoselėjimą ir gynimą, neapsieita ir be aukų – Lenkijos pasienio kariuomenė ir policija 1920 m. nukankino kun. P. Raštutį, 1923 m. – dar 2 gyventojus. Labiausiai marcinkoniškius išgarsino lietuviški kryžiai, kuriuos lietuviai statė, o lenkai viešai (kartais ir slapčia) griovė ir naikino. Toks kryžius buvo pastatytas Marcinkonyse 1933 m. pabaigoje. Iki II-o pasaulinio karo Marcinkonyse gyveno beveik 400 žydų. Dauguma jų vertėsi prekyba ir amatais. Vietos žydų bendruomenė turėjo hebrajišką pradžios mokyklą, knygų jidiš ir hebrajų kalbomis bibliotekas ir maldos namus.

Po Antrojo pasaulinio karo Marcinkonių apylinkėse veikė Lietuvos partizanų Merkio rinktinės Marcinkonių batalionas; 1946 m. per jo kovotojų pasalą žuvo 3 Marcinkonių NKVD įgulos kareiviai ir 1 stribas. 1957 m. įkurtas Marcinkonių miškų ūkis, kaime veikė mokykla, ambulatorija, biblioteka, kultūros namai. 1971 m. susikūrė Marcinkonių etnografinis ansamblis. 1991 m. įsteigus Dzūkijos nacionalinį parką Marcinkonyse įsikūrė jo direkcija. Atgavus nepriklausomybę, Marcinkonys nebeaugo, tačiau vėl suklestėjo miško gėrybių verslas, pradėta plėtoti kaimo turizmą, puoselėjami amatai. Tai Dzūkijos nacionalinio parko sostinė.