Miestas įkurtas prie Šalčios upės, nuo kurios ir gavo pavadinimą. Pirmą kartą Šalčininkų vardas minimas nuo XIII a. istoriniuose kryžiuočių šaltiniuose, kur vietovė vadinama "Salsininken" arba "Saletzniken". Nuo XIV a. gyvenvietė priklausė Glebavičiams, vėliau Šalčininkus valdė didikai Chodkevičiai, o 1823 m. Šalčininkus nusipirko grafai Vagneriai, kurie tvarkėsi čia iki Antrojo pasaulinio karo.