Liškiavos Alkakalnis dar vadinamas Bažnyčios kalnu. Nuo Pilies kalno jį skiria 17 m gylio dauba. Bažnyčios kalne XV a. antroje pusėje stovėjo medinė 12x20 m dydžio bažnyčia, kuri sudegė religinių karų metu XVI a. viduryje, bet buvo atstatyta ir stovėjo apie 100 metų. Bažnyčiai nugriuvus, XVII a. 150 m ilgio kalvos pietrytinėje ir vakarinėje dalyje buvo pastatyti rūmai, kurie priklausė M. Pranskevičiui-Radziminskiui. XVIII a. pradžioje rūmai sudegė. Archeologinių tyrinėjimų metu rasti pamatai, 3 m pločio tašytų akmenų grindinys aplink stovėjusią bažnyčią, vitražo liekanų, Aleksandro denarų, Jono Kazimiero monetų, žiestos keramikos, kapai ir jų liekanos. Radiniai saugomi Lietuvos nacionaliniame muziejuje. Iš pietų kalną juosia Nemunas, į kurį rytinėje Alkakalnio pusėje įteka Krūčiaus upelis, o šiaurės rytų pusėje stūkso Žvėrinčiaus slėnis.