Stėgalių kompleksas glaudžiai susijęs ir su gretimomis saugomomis teritorijomis (Čepkelių gamtiniu rezervatu, Povilnio rezervatu, Ūlos kraštovaizdžio draustiniu). Stėgalių hidrologinis režimas įtakoja ir gretimų saugomų teritorijų ekosistemų būklę.

Stėgalių gamtiniame komplekse yra gana didelė ekosistemų įvairovė, kur geros sąlygos gyventi drėgnų ir mišrių miškų, užpelkėjančių ežerų ir atvirų pievų gyvūnams. Čia rastos 6 augalų rūšys, įrašytos į Saugomų rūšių sąrašą, iš kurių 1 rūšis – vėjalandė šilagėlė – įrašyta ir į Buveinių direktyvos I priedą. Teritorijoje aptikta 17 saugomų gyvūnų rūšių, iš kurių 12 įrašyta į Saugomų rūšių sąrašą, 8 paukščių rūšys įtrauktos į Paukščių direktyvos (PD) I priedą ir 5 gyvūnų rūšys, įtrauktos į Buveinių direktyvos (BD) II priedą. Komplekso plotas yra 540 ha.