XV-XVI a. Šventupės dvaro teritorija buvo Vidiškių valsčiuje. Pagrindinė šio administracinio centro valda buvo Vidiškių dvaras kartu su miesteliu, minimi 1492- 1506 m. dokumentuose. Tuo metu dvarą valdė bajorai Vidiškiai. Vėliau sodyba buvo perkelta ir įkurta apie 2,5 km į šiaurės rytus nuo Vidiškių miestelio, dešiniajame Šventosios upės krante ir spėjama dėl šios priežasties įgavo Šventupės vardą. Atsižvelgiant į 1596 m. dvaro sodybos inventorių, sudarytą po Stanislovo Stanislovavičiaus Vidiškio ir jo žmonos Hanos Neviedomskos mirties, tai buvo stiprus vidutinis tų laikų ūkis. Vidiškis taip pat buvo fundatorius pirmosios Vidiškių bažnyčios, statytos apie 1562 m. XVII a. pabaigoje Šventupės dvaras atiteko Jonušos herbo Vilniaus pakamorei Marcijonui Dambrauskui ir jo žmonai Ievai Komorovskaitei. Po jų mirties dvaras atiteko sūnums Baltramiejui ir Juozui, kurie dvarą nuomojo. Iki 1776 m. jį valdė Juzefas Toplickis. Vėliau dvaras atiteko Ukmergės pilies teisėjui - Ignui Tadui Dambrauskui, kuris 1761 m. dvarą pardavė Janui Dambrauskui. 1794 m. buvo sudarytas detalusis Šventupės dvaro valdų planas. Jame pažymėtos rūmų, oficinos ir ledainės vietos atitinka iki šių dienų išlikusius dvaro pastatus, todėl dabartinių rūmų statyba datuojama XVIII a. Nuo XIX a. pr. Šventupės dvaras priklausė Ukmergės maršalui Anuprui Koskai ir jo žmonai Hortenzijai. Jie taip pat fundavo statybas naujos Vidiškių bažnyčios, kuri 1856 m. buvo pašventinta vyskupo Motiejaus Valančiaus.

Koskos dvarą valdė iki XIX a. antros pusės. Iki 1882 m. dvaras priklausė kapitonienei Idai Henrietei Grabovskai (Grabauskiams). Minimu XIX a. laikotarpiu keitėsi sodybos išplanavimas, perstatyti ūkiniai pastatai, pastatytas rūmų R fasado portikas. Jo kolonos yra identiškos Vidiškių bažnyčios kolonoms. Taip pat perplanuotas Šventupės dvaro parkas, kuris 1958 m. buvo įtrauktas į Lietuvos saugomų parkų, o 1986 m. - į gamtos paminklų sąrašą. Naujoji dvaro sodybos planinė struktūra užfiksuota 1882 m. plane. Tų pačių metų gruodžio 18 d. dvarą varžytinų būdu nusipirko turtingas daugelio dvarų savininkas Mykolas Komaras, kurio gimtinė - Raguvėlės dvaras. Komarų šeimai dvaras priklausė iki 1940 m. Paskutinė jo savininkė buvo Julija Komarienė. Pokario metais dvaro teritorijoje įsikūrė Žemaitkiemio MTS (mašinų ir traktorių stoties) centras, vėliau - Ukmergės Melioracijos statybos valdybos gyvenvietė, kuri sovietinio laikotarpio pabaigoje ir nepriklausomybės pradžioje smarkiai išsiplėtė ir iš dalies pakeitė planinę dvaro sodybos struktūrą. Šiuo metu dvaro rūmų pastate įsikūrę Šventupės kultūros namai ir biblioteka.