Gardai (Gardės, vėliau Žemaičių Kalvarija) rašytiniuose istorijos šaltiniuose pirmąkart paminėti 1253 m. Miestelis įsikūręs nuo seno apgyventoje vietovėje, kurioje stūkso piliakalnis – Šv. Jono kalnas. Varduvos upelio dešiniajame krante, jo santakoje su Pagardeniu (vėliau Cedronu) stovėjo kuršių pilis, o jos papėdėje buvo įsikūrusi gyvenvietė. Ši gyvenvietė, 1417 m. įkūrus Žemaičių vyskupiją, kaip ir netoliese esantys Alsėdžiai, buvo atiduota Žemaičių vyskupo nuosavybėn. XVI a. pabaigoje buvusios gynybinės pilies vietoje pastatyta Šv. Jono Krikštytojo koplyčia.

1619 m. Žemaičių vyskupas St. Kiška prie šios koplyčios įsteigė parapiją. 1637 m. į Gardus vyskupo Jurgio Tiškevičiaus kvietimu atvyksta dominikonai, kuriems pavedama rūpintis parapija. 1639 m. Garduose įsteigiamas dvidešimties stočių Kryžiaus kelias. 1644 m. Kryžiaus kelio koplyčioms – Kalvarijoms popiežius Urbonas VIII suteikia visuotinius atlaidus. XVII a. pirmojoje pusėje į Gardus iš Romos pargabentas Švč. M. Marijos su Kūdikiu paveikslas Lietuvoje ir už jos ribų ima garsėti stebuklingomis malonėmis. Plūstantys maldininkai į Kalvarijas nulėmė naujo pavadinimo šiai vietovei atsiradimą – vyskupas Jurgis Tiškevičius maldininkų pamėgtą vietą pavadino Naująja Jeruzale, tačiau, šiam vardui neprigijus, ilgainiui ji imta vadinti Žemaičių Kalvarija.

Garsioji Žemaičių Kalvarijos šventovė tapo Vakarų Lietuvos piligrimų centru ir tokiu išlieka iki šiandien. 1988 m. gegužės 6 d. popiežius Jonas Paulius II Žemaičių Kalvarijos bažnyčią pakėlė į bazilikų rangą.

2006 m. spalio 8 d. stebuklingasis Švč. M. Marijos paveikslas vainikuotas popiežiaus Benedikto XVI pašventintomis karūnomis, jam suteiktas Krikščioniškųjų šeimų Karalienės titulas. 2007 m. Žemaičių Kalvarijos šventovė tapo vienu iš Jono Pauliaus II piligrimų kelio objektų.