1882 m. Baisogalos savininko grafo Vladislovo Komaro ir jo žmonos Onos rūpesčiu ir lėšomis buvo pastatyta dabartinė mūro bažnyčia. Pagal 1890 m. inventorių bažnyčioje buvo didysis altorius su nauju Švč. Trejybės paveikslu, o dešinėje pusėje šventųjų skulptūros. Bažnyčioje buvo dvylikos balsų vargonai.

Naujoji bažnyčia gotiško stiliaus, su vienu bokštu savo frontone. Bažnyčioje yra penki altoriai, visi gotikinio stiliaus, nudažyti aukso spalva. 1956 m. pagal dailininkės Filomenos Ušinskaitės-Bačėnienės projektą bažnyčios vidus buvo meniškai dekoruotas.