Pirmąją medinę bažnyčią Batakiuose 1509 m. pastatė Žemaičių seniūnas Stanislovas Kęsgaila. Jai paskirtas Pilsūdų kaimas. 1614 m. pastatyta nauja medinė, 1776 m. – trečioji bažnyčia. 1820 m. jai priklausė Jakštų, Nosaičių, Panykštelių, Pilsūdų kaimai, Paančio palivarkas. 1888 m. apmūrytas šventorius, bažnyčia remontuota, įdėtos naujos lubos. 1908–1911 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Bažnyčia 1970 m. sudegė, nuošaliau nuo bažnyčios stovėjusi varpinė išliko. Pamaldos laikytos medinėje varpinėje. Prie jos 1991 m. pristatyta medinė bažnyčia.

Bažnyčia stačiakampio plano, su prieangiu. Bažnyčią 1991 m. spalio 13 d. pašventino ir Šv. Mišias laikė vyskupas Antanas Vaičius. Batakiai garsėja šv. Onos atlaidais. Varpinėje kabo 1626 m. (MDCXXVI) Nikalojaus Šmidheno (Nicolavs Schmidhen) nulietas varpas.