Birštono muziejaus ekspozicija dalinama į kelis skyrius. Pirmajame – "Birštonas senovėje" – eksponuojami archeologiniai radiniai, jų nuotraukos. Birštonas rašytiniuose šaltinuose pirmą kartą paminėtas 1382 metais, kaip viena iš Panemunės pilių gynybai nuo kryžiuočių antpuolių. Po Žalgirio mūšio, 1410 metais pilis, tapo Lietuvos didžiųjų kunigaikščių medžioklės dvaru ir vasaros rezidencija. Ekspozicijos skyriuje rodoma medžiaga, atspindinti kovų su kryžiuočiais laikotarpį. Birštono pilies ir karališkojo dvaro hipotetinė rekonstrukcija, žemėlapiai, planai, gyventojų sąrašai. Kadangi Birštonas ir aplinkiniai kaimai aptarnavo karališkąjį dvarą, rodomi Birštono apylinkėse surinkti 18-20 amžiaus žemdirbystės įrankiai, buities rakandai, kalvystės ir stalių dirbiniai.Kitame ekspozicijos skyriuje pasakojama apie kurorto kūrimąsi Birštone ir jo raidą iki pirmojo pasaulinio karo. Eksponuojami mokslininkų, tyrinėjusių Birštono mineralinius šaltinius, A. Abichto, E. Liachnickio ir kitų portretai, mokslinių darbų kopijos, paminėjimai periodinėje spaudoje, išlikę gydyklų įrengimų dalys. Skirta vietos ir Birštono mokyklai, jos istorijai.

Kitas ekspozicijos skyrius "Birštonas tarpukariu" pasakoja apie Birštono kurorto atgimimą po Pirmojo pasaulinio karo, jo problemas. Šiame ekspozicijos skyriuje eksponuojamas kairiajame Nemuno krante pasistačiusio vasarnamį dantų gydytojo Igno Šablausko darbo kabineto įrankiai. Tarpukario Lietuvos kurorto vaizdai, dokumentai ir kiti eksponatai, atspindintys minimą laikotarpį. Daug vietos skiriama gydymo mineralizuotu purvu Lietuvoje pradininkui, pirmųjų purvo gydyklų iniciatoriui gyd. Jurgiui Venskūnui, kurorto direktoriui dr. Baliui Matulioniui. Antrame aukšte lankytojus pasitinka dailininko, nuo 1880 metų gyvenusio Birštone, akademiko Nikodemo Silvanavičiaus darbų kopijų ekspozicija. 1939 metais dr. Balio Matulionio iniciatyva buvo sudaryta architektų grupė iš internuotų Lietuvoje lenkų karininkų, kurie rengė Birštono išvystymo planą. Dalis tos medžiagos yra ekspozicijoje.

Tolesnė ekspozicija atspindi kurorto atgimimą pokario metais, žmonių deportacijas. Nuotraukos ir dokumentai, diagramos atspindi šiuolaikinį Birštono kurortą. Dalis ekspozicijos skiriama mokslininkams, tyrinėjusiems Birštono gydomuosius veiksnius, sportininkams, garsinusiems ir garsinantiems Birštoną, tradiciniam Birštono džiazo festivaliui, įrengtas memorialinis kampelis žinomam kalbininkui baltistui prof. Jonui Kazlauskui. Dviejose muziejaus salėse nuolat keičiamos dailininkų, tautodailininkų, fotografų parodos, rengiami jų pristatymai, susitikimai su autoriais, edukaciniai užsiėmimai, pamokos, renginiai.