Birštono sakralinio muziejaus įsteigimo idėja kilo Birštono parapijos klebonui mons. J. Dalinevičiui 1999 m. Birštono savivaldybės meras A. S. Zenkevičius pritarė idėjai, o gavus palaiminimą iš Kardinolo Vincento Sladkevičiaus, mintis įkurti muziejų buvo realizuota. 2000 m. gruodžio 26 d. švenčiant Krikščionybės jubiliejinius metus Birštono sakralinis muziejus buvo atvertas lankytojams. Eksponatus muziejui rinko klebonas mons. J. Dalinevičius drauge su Birštono muziejaus direktoriumi V. Puskunigiu, vyr. fondų saugotoju J. Šleikumi, muziejininke R. Zajančkauskiene. Buvo kreiptasi į V. Sladkevičiaus giminaitę J. Lukavičienę, vysk. T. Matulionio gimines - kun. J. Pilką, jo brolį T. Pilką. Kaišiadorių vyskupas emeritas Juozas Matulaitis deponavo Kaišiadorių vyskupijos bažnytinio paveldo reliktų, kurie liturgijoje nenaudojami, o muziejaus lankytojams sukelia grožio ir harmonijos pajutimą. 

Muziejus yra skirtas arkivyskupo kankinio Teofiliaus Matulionio ir kardinolo Vincento Sladkevičiaus atminimui. Arkivyskupas Teofilius Matulionis Birštono klebonijoje gyveno 1956-1958 m. Įrengiant muziejų, buvo renovuotas senosios klebonijos pastatas, atstatant pastato vaizdą, primenantį XIX a. - XX a. pr. kurorto pastatus. Buvo atkurtos sovietmečiu nugriautos verandos bei lietuviškos medinės architektūros elementai - drožiniai. Šiame pastate įvykę kardinolo V. Sladkevičiaus slapti šventimai 1957 m. buvo svarbūs ne tik Kaišiadorių vyskupijos tikintiesiems, bet visos Lietuvos Katalikų Bažnyčios istorijai ir Lietuvos nepriklausomybės atgavimo istorijai. 

Birštono sakralinis muziejus nuo įkūrimo momento yra Birštono muziejaus struktūrinis padalinys. Čia vykdomos įvairios edukacinės programos, rengiamos parodos, skaitomos paskaitos, vyksta knygų pristatymai ir kiti kamerinio pobūdžio kultūros renginiai.