Stūkso netoli Dubysos upės. Pirmoji Butkiškės bažnyčia pastatyta 1506 m., buvo Ariogalos parapijos filija. 1636 m. vėl minima Butkiškės parapija. 1820 m. jai priklausė Butkiškės ir Skubų kaimai. Kada pastatyta dabartinė medinė bažnyčia, tiksliai nėra žinoma. Bažnyčia liaudies architektūros formų, stačiakampio plano, bebokštė. Bažnyčios šventorių juosia neaukšta akmeninė tvora. Šalia bažnyčios pastatyta dviejų tarpsnių varpinė.