Bukonių dvaras žinomas nuo XVI a. Dvaro sodyba XVIII a. priklausė Hopenams (Hoppen), kurią pasistatė LDK iždo tarybos narys, Bukonių Šv. Arkangelo Mykolo bažnyčios fundatorius Juozapas Hopenas (1741 - ?). Dabartiniai dvaro pastatai statyti XIX a. pirmoje pusėje. Tarpukariu dvaras išparceliuotas, žemės išdalintos naujakuriams, įsteigta mokykla, veikusi iki 1980 m. Sovietmečiu dvare veikė Ivano Černiachovskio vardo kolūkis. Šiuo metu dvaro sodyba yra privati nuosavybė.