1863 m. Rusijos caro Aleksandro II įsakymu Trakų karaimų dvasinei valdybai Moluvėnuose buvo paskirta 160 ha žemės. Po 1867 m. pradėta formuoti dvaro sodyba su gyvenamaisiais ir ūkiniais pastatais. Moluvėnuose apsigyvenęs karaimų religinis vadovas Isaakas Boguslavas Kaplanovskis (1814–1898) dėl senyvo amžiaus nepajėgė važinėti į pamaldas Trakuose, todėl prie namų sumūrijo kenesą. Projektavo, manoma, jo sūnus inžinierius. Po religinio vadovo mirties 1898 m. kenesa perdaryta į gyvenamąjį namą. 1935 m. buvo daromas kenesos remontas: ištinkuotas vidus ir išorė, išcementuotos grindys, stogas uždengtas medžio lentelėmis. Joje buvo įrengtas svirnas. Pastato sutvarkymo bei remonto darbais rūpinosi ir juos atliko ilgametis dvaro ūkvedys ir nuomininkas A. Pileckis.

Statinys kompaktiško, vientiso kubinio tūrio, kvadratinio plano, 1 aukšto, ant akmenų mūro pamatų. Stogo forma piramidinė, konstrukcijos medinės, gegninės. Langų ir durų angos stačiakampės, fasaduose įkomponuotos segmentinių arkų nišos. Viename iš fasadų įrengti du akmens ir plytų mūro kontraforsai. Įėjimas į kenesą buvo šiaurinėje pusėje. Plytų mūro sienos tinkuotos. Pastate yra rūsys. Jo anga su segmentine sąrama, perdanga skliautinė, cilindrinė su liunetėmis.