1993 m. atliekant piliakalnio tyrinėjimo darbus buvo rasta brūkšniuotosios keramikos gabaliukų, tai leidžia datuoti, jog piliakalnis buvo gyvenamas mūsų eros pradžioje. Apie Čeberakų piliakalnį sklando legendos, kad senovėje čia stovėjusi bažnyčia, kuri per šv. Mišias prasmego į žemę, todėl nuo to momento piliakalnį vietiniai žmonės dar vadina Bažnyčiakalniu. Taip pat manoma, kad XX a. pradžioje į piliakalnį vedė akmeniniai laiptai, kuriais buvo galima pakilti į piliakalnį. Vietiniai gyventojai mena čia buvusių laiptų žymes.