Vaitkaičiai, arba Endriejavas, 1778 m. atiteko Jorūdams. Viktoras ir Agnieška Jorūdai koplyčiai (manoma, kad ji 1780 m. perstatyta) dovanojo valaką ir 8 margus žemės, 1000 talerių; įkurta parapija. XIX a. pirmojoje pusėje veikė parapinė mokykla. 1861 m. pastatyta varpinė. 1862 m. įsigytas Maskvoje nulietas varpas buvo didžiausias Žemaičių vyskupijoje. 1862 m. bažnyčia atnaujinta. 1888 m. audra nugriovė bažnyčios bokštą (atstatytas ankstesnės formos). 1909–1911 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Pirmąją II Pasaulinio karo dieną Lietuvoje, 1941 m. birželio 22 d., senoji bažnyčia sudegė per bombardavimą. 1943 m. šalia paskubomis iš kareiviškų barakų suręsta kita, kuri šiuo metu išlikusi Gėlių g. 17. Joje vėliau ir vyko visos religinės apeigos. Sovietmečiu sudegusios bažnyčios vietoje (dab. Gėlių g. 19) buvo pastatyti kultūros namai. Po Atgimimo jie buvo perleisti parapijai, tapo naujaisiais vietos tikinčiųjų maldos namais. Medinė "barakinė" bažnytėlė šiuo metu tarnauja tik kaip šarvojimo bažnyčia, ten pat vyksta ir laidojimo apeigos, karstas keliauja tiesiai į kapines.

2012–2013 m. buvę kultūros namai buvo rekonstruoti pagal I.Slavinskaitės-Prapuolenienės suprojektuotą Endriejavo bažnyčios atnaujinimo projektą. Dėl lėšų stokos atsisakyta architekto iš Kalifornijos Rimo Muloko sudėtingesnės bažnyčios atnaujinimo vizijos. Pastatyta 15 m aukščio plieninė varpinė, į ją įkeltas kone dvi tonas sveriantis senasis, dar 1862 m. už parapijiečių aukas nulietas varpas. Pačią varpinę kaunietė architektė papuošė trimis skydais su Vyčio kryžiumi, o virš jos iškilo gelsvos spalvos kryžius, pagamintas iš plieno. Senojo šventoriaus sienoje išmūryti Endriejavo herbe pavaizduoti arkiniai vartai. Sakralinį vaizdą bažnyčiai suteikė portikas. Suprojektuotas ir atkurtas 1941 m. sudegusios bažnyčios bokštas, tačiau jam, kaip ir likusiems gerbūvio, fasado darbams užbaigti nebeliko lėšų.