Bažnyčia pastatyta 1792 m. XVII a. pabaigoje senosiose kapinėse buvo pastatyta medinė koplyčia, vėliau – medinė bažnyčia, kuri apie 1792 m. nuo žaibo sudegė, tais pačiais metais Joniškėlio dvarininkas Benediktas Karpis pastatė mūrinę, kuriai plytas gamino iš netoliese esančio Girelės pamiškės molio. Joniškėlio bažnyčia – vertingas ankstyvojo klasicizmo architektūros paminklas. Jos vidus išraiškingų barokinių ir neobarokinių formų, gana vieningos stilistikos. Išsiskiria savitos kompozicijos didysis altorius ir labai savitos "figūros" bokštas – retenybė Lietuvos sakralinėje architektūroje. Dėmesio verti du paveikslai ant pirmųjų piliorių prie presbiterijos.