Leidimą statyti sinagogą Joniškio žydai gavo dar 1797 m., tačiau, kiek yra žinoma, pirmoji sinagoga buvo pastatyta tik 1823 m. Ji buvusi toje pačioje vietoje, kur dabar stovi Baltąja vadinama sinagoga, pastatyta 1864-1865 m. Sinagogos eksterjere  matomas vėlyvojo klasicizmo ir romantizmo stilių mišinys, tačiau jai būdingas ir barokinis puošnumas – ne veltui iki XX-ojo a. ji buvo vadinama "gražiąja" sinagoga. Rekonstruotos sinagogos fasadas atskleidžia XIX a. buvusius puošybos elementus – piliastrus, frontonus, arkinius langus.

Iš turimų istorinių šaltinių galima manyti, kad Raudonosios sinagogos vietoje pirmieji žydų maldos namai stovėjo jau XIX a. viduryje ir kelis kartus kentėjo nuo gaisro, o 1911 m. ugnis pastatą sunaikino neatstatomai. Vietoje jo buvo pastatyta iki šių dienų išlikusi ir neseniai rekonstruota Raudonoji sinagoga. Jos išorė išsiskiria, taip vadinamu, "plytiniu stiliumi", t. y. dažniausiai raudonų plytų pastatas netinkuotu fasadu.

Po Antrojo pasaulinio karo dauguma Lietuvos sinagogų buvo panaudotos kitoms, su religija nesusijusioms reikmėms. Taip nutiko ir šiems pastatams. Raudonoji sinagoga virto sandėliu, vėliau liejykla, jaunimo klubu, o dalyje pastato buvo įrengtos gyvenamosios patalpos. Baltojoje sinagogoje taip pat kurį laiką veikė sandėlys, vėliau pastatas buvo paverstas sporto sale. Keičiant pastatų funkcijas buvo pakeisti vidaus išplanavimai, suniokota tiek interjero, tiek eksterjero puošyba. Taip nutiko daugumai sinagogų pastatų, o mažiau naudojami ar visai nenaudojami po truputį nyko visoje Lietuvoje.

Šiuo metu Sinagoga yra atstatyta ir restauruota, pritaikyta kultūrinėms reikmėms. Šioje prikeltoje erdvėje yra puoselėjamos kultūros iniciatyvos, vyksta šventės ir renginiai, kurie reprezentuoja Joniškio kraštą ir pritraukia ne tik miesto gyventojus, bet ir gausybę svečių. Sinagogų kompleksas tapo svarbiu vietos gyventojų ir užsienio svečių traukos centru.

Dviejų ar daugiau sinagogų kompleksų Lietuvoje yra išlikę tik Joniškyje, Kėdainiuose ir Kalvarijoje.