Dabartinė Joniškio bažnyčia pastatyta 1895–1901 metais. Tai didžiulis eklektinės architektūros, kryžminio plano pastatas. 65 m aukščio fasadinis bokštas yra vidurinės navos pradžioje. Jo stogas turi barokinių elementų. Fasadinis portalas yra klasicistinis. Abipus portalo, klasicistinėse nišose, stovi didelės statulos. Bažnyčios sienos sustiprintos kontraforsais. Vėlyvojo baroko elementų yra langų, angų nišose. Bažnyčios planą sudaro trys nevienodo pločio navos, presbiterija su pusapskrite apsida, prie jos – dvi zakristijos. Vidurinė nava yra gerokai platesnė už šonines. Šios bažnyčios architektas – Karolis Eduardas Strandmanas, gimęs 1876 m. Švedijoje. Ją statė Joniškio klebonas Liudvikas Šiaučiūnas. Bažnyčios stogas dengtas cinkuota skarda, bokšte - 6 m. aukščio kryžius. Grindys mozaikinės. Bažnyčioje 16 durų, visos ąžuolinės su geležinėmis staktomis. Didysis altorius - betoninis, papuoštas kolonomis su statulomis. Be jo yra dar penki altoriai: vienas betoninis ir keturi mediniai. Bažnyčia turi keturis varpus. Joje gausu meno kūrinių. Tai paveikslai "Paskutinė vakarienė", "Šv. Martinijonas", "Šv. Mergelės Marijos ėmimo į dangų", "Šv. Šeima", "Kristaus prisikėlimas" ir kt. Paveikslas "Angelas sargas" nutapytas A.Varno, o visi kiti išlikę iš XVIII-XIX a. Bažnyčios išorėje, klasicistinėse nišose, stovi kelios skulptūros, vaizduojančios Šv. Mariją ir Jėzų Kristų.