Pirmoji bažnyčia Jurbarke vyskupo Mikalojaus Dziergavyčiaus rūpesčiu pastatyta 1430 metais, bet parapija įsteigta nebuvo. Seniausios žinios apie tai – vyskupo Motiejaus Valančiaus 1848 m. išleistoje "Žemaičių vyskupystėje". Parapija Jurbarke įsteigta 1502 metais. Karalienė Bona įpareigojo vietininką Joną Kuncevyčių pastatyti naują bažnyčią. Jai paskyrė 6,5 valakus žemės. Prie bažnyčios iškilo ir klebonija. Pirmasis klebonas – kun. Martynas Hermanavyčius įsteigė Jurbarke mokyklą (1557 m.). Šią medinę bažnyčią dukart suniokojo gaisrai. Bažnyčia atstatyta 1655 metais, dar kartą buvo atstatyta po gaisro 1741 m.

Dabartinė mūrinė bažnyčia (tuomet klebonas buvo kun. Kazimieras Marcinkevičius) buvo statoma 1901–1907 metais. 1907 m. spalio 14 d. ją pašventino vyskupas Mečislovas Paliulionis. Bažnyčiai suteiktas Švč. Trejybės titulas. Bokšte įkeltas JAV lietuvių padovanotas didysis varpas. 1940 metais per didelį gaisrą Jurbarko mieste sudegė bažnyčios bokštų viršutinės smailės, išdegė vidus. Per metus bažnyčia buvo atstatyta (tačiau bokštai buvo atstatyti ir pašventinti tik 1993 metais).

Bažnyčia dvibokštė, kryžminio plano. Jos vidų puošia vietos menininkų darbai: paveikslai, medžio dirbiniai, skulptūros. Didžiajame altoriuje yra žinomo lietuvių skulptoriaus Vinco Grybo sukurtos šventųjų apaštalų Petro ir Pauliaus statulos ir kryžius su Nukryžiuotoju. Bažnyčios šventorių puošia Gerojo Ganytojo statula bei kryžius Lietuvos krikšto 600 metų jubiliejui atminti. 2007 m. minėtas bažnyčios pastatymo šimtmetis.