Vytautas Didysis, atvykęs antrą kartą į Žemaitiją jos krikštyti, liepė Kaltinėnuose pastatyti vieną pirmųjų bažnyčių šiame regione (viena iš septynių Vytauto Didžiojo pastatytų Žemaitijoje). Vėliau žemaičių vyskupui Motiejui užrašė 10 Kaltinėnų gyventojų kartu su jų žeme ir pavedė juos valdyti miestelio klebonui. Nuo to laiko parapija apie 400 metų buvo tiesiogiai pavaldi vyskupui. Kaltinėnų Šv. Jono Krikštytojo parapija yra įsteigta 1416 m. Per šią ilgą, 600 metų parapijos gyvavimo laikotarpį, Kaltinėnuose stovėjo 5 bažnyčios, statytos 1416; 1613; 1732; 1826; 1886; Visos ankstesniosios, pagal istorinius duomenis, sudegė. Paskutinė bažnyčia Kaltinėnuose sudegė 1988 metais. Dabartinė bažnyčia yra šešta, atstatyta 1995 metais.

Bažnyčioje išskirtiniai akcentai: įspūdingo dydžio Kristaus statula (autorius Alfonsas Vaura). Virš Kristaus statulos didingas vitražas (autorius Vytautas Švarlys, 2013 m.). Nuostabaus grožio Kryžiaus kelio paveikslai – vitražai bažnyčios salėje (autorius Vytautas Švarlys). Bažnyčioje originalios Kryžiaus kelio stotys, skamba skaitmeniniai vargonai.