XVIII a. sumažėjus evangelikų reformatų bendruomenei į Kėdainius pradėjo skverbtis katalikų vienuoliai. 1703 – 1704 m. Kėdainiuose pradėjo kurtis vienuoliai karmelitai. Prie Švč. Mergelės Marijos aukojimo bažnyčios (dabar - Šv. Juozapo bažnyčia) įkūrė vienuolyną, labdaros draugijas, pradžios mokyklą, prieglaudą. Po 1831 m. sukilimo numalšinimo caro valdžia ėmėsi represijų ir 1832 m. Kėdainių karmelitų vienuolynas buvo uždarytas. 2000 m. į restauruotas buvusio vienuolyno patalpas persikėlė Kėdainių krašto muziejus, kuris saugo, tiria ir eksponuoja Kėdainių krašto istorijos, dvasinės bei materialinės kultūros vertybes. Tai vienas seniausių muziejų Lietuvoje, sukaupęs virš 20 tūkstančių eksponatų.