Dabartinė Švč. Mergelės Marijos Nugalėtojos bažnyčia pastatyta šalia senosios 1790 m. (pradėta statyti 1782) pagal architekto Augusto Kosakausko projektą. Caro valdžiai uždarius vienuolyną bažnyčia buvo paversta cerkve, o vėliau prijungta prie Žaslių parapijos. Kazokiškių bažnyčios architektūra pereinamojo laikotarpio iš baroko į klasicizmą architektūrinių formų, stačiakampio plano, vienanavė, bebokštė, plytų, tinkuota, su siaura presbiterija ir pusapskrite apside. Prie dešiniojo presbiterijos šono yra zakristija. Fasadas dviejų tarpsnių, su atiku ir barokiniu frontonu lenktais šonais. Centrinę ašį išryškina aukštas arkinis langas virš portalo, segmentinis skydas bei arka frontone. Fasado šonus skaido portiniai piliastrai.

Bažnyčioje yra šeši altoriai, kuriuos puošia seni ir vertingi kūriniai: nuo dominikonų laikų išlikę paveikslai: didžiajame altoriuje – malonėmis garsėjantis paveikslas "Švč. Dievo Motina su Kūdikiu". Šoniniuose altoriuose – "Šv. Jonas Krikštytojas" ir "Šv. Kazimieras". Bažnyčioje taip pat yra dominikonų šventųjų "Šv. Vincento Ferero ir Šv. Kotrynos Sienietės atvaizdai, bažnyčios fundatoriaus S. Beinarto portretas (XX a. per. Kopija, atlikta pagal bažnyčioje buvusį XVII a. portretą) ir kt. "Švč. Mergelės Marijos Nugalėtojos" paveikslą po studijų Romoje 1660 m. (kitais šaltiniais – 1669, 1680 m.) atvežė ir padovanojo dominikonas Liudvikas Skickis. Jis nutapytas nutapytas pagal Loreto "Santa Maria de Victoria" paveikslą, sukurtą po Lepanto mūšio (1570–1573).

2007 m. atliekant bažnyčios vidaus remonto darbus, buvo rasti visų remontų palikti pėdsakai: nuo dominikonų laikų išlikusių freskų iki lenkiškų užrašų. Bažnyčios ansamblis (bažnyčia, šventorius, tvora, vartai) įtrauktas į Lietuvos Respublikos kultūros vertybių registrą. Šventoriaus tvora akmenų mūro. Šalia vartų – tinkuota mūro varpinė. Šventoriuje yra senos kapinės. Šventoriuje palaidoti Apolinaras Radziševskis, Viktoras Jakubauskas, bažnyčios rūsyje palaidotas Jonas Bobkevičius, Jonas Kazlauskas. Taip pat čia palaidoti didikai K. Gorskis su žmona, A. N. Grochovskiai.