Stačiatikių parapija Kėdainiuose įsikūrė 1645 m., kai Jonušas Radvila vedė antrąją žmoną Mariją Lupul. 1854 m. Kėdainių savininkas grafas Marijonas Čapskis stačiatikiams dovanojo mūrinį gyvenamą pastatą, kuris pagal architekto S. Ikonikovo projektą buvo perstatytas į cerkvę. Po cerkvės gaisro 1893 m. Piotras Stolypinas padėjo surinkti lėšas cerkvės remontui. XX a. pradžioje buvo pakviestas meistras iš Sankt Peterburgo, kuris ištapė cerkvės sienas ir lubas. Šiuo metu cerkvė veikia, viduje išlikusi XX a. pradžios tapyba, yra kelios vertingos ikonos. Šalia cerkvės - memorialinė lenta Piotrui Stolypinui, žymiausiam buvusiam Kėdainių stačiatikių bendruomenės nariui. Lenta atidengta 2012 m. rugsėjo 21 d. Bareljefą kūrė skulptorius Romas Vilčiauskas, kompozicijos dizaineris - Arvydas Urbelis.