Šiandien Kražiuose veikiančio muziejaus pamatai pradėti lipdyti 1966 m., kuomet švenčiant Kražių vidurinės mokyklos 350 metų jubiliejų, mokyklos mokytojų kolektyvas parengė ekspoziciją "Kražių mokyklos kelias". Nuo 1969 m. įkuriamas mokyklos muziejėlis, kuris dar po 7 metų perkeliamas į Kražių kolegijos pastatą, bet čia jis veikė neilgai. Prakiurus kolegijos stogui, neatitinkant saugumo reikalavimų, muziejus buvo uždarytas. 1987 m. su tais pačiais eksponatais įkuriamas muziejus naujose patalpose – buvusiame apylinkės pastate. Šiame pastate Kražių kraštotyros muziejus veikė iki 2008 m.

2008 m. restauravus buvusios Kražių kolegijos pastatą, duris lankytojams atvėrė daugiafunkcinis Kražių M. K. Sarbievijaus kultūros centras. Į naujas patalpas perkeltas ir senasis muziejus. Atrestauruotame kolegijos pastate įsikūrusiame muziejuje galima plačiau sužinoti apie Kražių miestelio bei jėzuitų įkurtos kolegijos istorija.

Muziejuje nuolat veikiančios ekspozicijos: Kražių miestelio urbanistinė raida, Kražių jėzuitų kolegija (1616 – 1773), Vilniaus universitetinė Kražių gimnazija (1817 – 1844), Kražių skerdynės, Kražių istorija nuo 1918 m., Jotvingių kryžiaus riterių ordinas (1487-2010).