Naujas muziejaus raidos etapas prasidėjo 1992 m. persikėlus į buvusius grafų Tiškevičių rūmus. 1994 m. gruodžio mėn. atidarytos trys ekspozicijos "Dvarų kultūra" salės ir dvi salės, skirtos senajam liaudies menui, pertvarkyta unikali gamtos skyriaus ekspozicija. Minėtu metu skyrių perdavimas atsakingiems darbuotojams pagerino darbą su eksponatais. Suaktyvėjo tiriamasis darbas. Muziejaus jungiamoji grandis su visuomene – ekspozicijos, parodos, kultūriniai renginiai, edukacinė veikla, ekskursijos.

Nuo 2009 m. įgyvendinamas parojektas "Kretingos dvaro sodybos paminklinių pastatų renovacija ir pritaikymas turizmui", inicijuota daug projektų Dvaro pastatų avarinei būklei likviduoti, juos restauruoti bei pritaikyti muziejinei – turizmo funkcijai. Iš viso renovuoti 5 paminkliniai pastatai, atidarytos 6 naujos ekspozicijos: dvaro istorijos ir kultūros ekspozicija, archeologijos ekspozicija "Kretingos krašto priešistorė", numizmatikos ekspozicija, žiemos sodas (oranžerija), etnografijos ekspozicija "Saulės ratu" bei ekspozicija, skirta Kretingos krašto istorijai.

Kretingos dvaro istoriniame parke įrengtos 3 lauko ekspozicijos: dvaro parke – Astronominis kalendorius su Saulės laikrodžiu, rūmų kieme – "Atminties takas" bei ūkvedžio namo kieme skulptoriaus Stasio Budrikio iš akmens sukurtos skulptūros "Trimituojantis angelas", skitas Juozui Žilvičiui, "Rūpintojėlis", skirtas Juozui Mickevičiui ir "Stogastulpis", skirtas Ignui Jablonskiui. Nuo 2013 m. veikia Tradicinių amatų centras, kuriame lankytojams siūlomos įvairios edukacinės programos.