Nuo XVIII a. Kurkliuose gyvenusi žydų bendruomenė per du amžius dėl gaisrų rykštės pakeitė ne vieną sinagogą. Paskutinioji medinė sinagoga statyta jau 1936 m. pasižymi tradiciniu sinagogos išdėstymu, egzistavo atskira pagrindinė pamaldų erdvė ir moterų sekcija, tačiau atsirado ir ekspresionistinių bruožų (vienas jų – išskirtinis, litvakų sinagogoms nebūdingas bokštelis), taip pat ir langų rėmai išsiskyrė kitų Lietuvos sinagogų kontekste – tai trikampio formos arkos. Visgi, minėtas ekstravagantiškas bokštelis buvo dekoruotas tradiciniais simboliais – dvejomis Dovydo žvaigždėmis.

Po Antrojo Pasaulinio karo, nelikus vietos žydų bendruomenės, dar palyginus nauja sinagoga buvo nužeminta iki sandėlio funkcijos, o po Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo palikta be jokios funkcijos ar priežiūros.