1791 m. Platelių starostijos inventoriuje minimas malūnas ant Babrungo upės. Kai XVIII a. pabaigoje ant Babrungo upės ištakų Platelių dvaras pastatė minėtą malūną ir malūno kūdrai supylė pylimą, pakilo Platelių ežero lygis. Briedsalės pusiasalis tapo Briedsalės sala. Dabartinį Babrungėnų akmens mūro malūną su fachverko konstrukcijomis antrame aukšte iki 1816 m. pastatė grafai Šuazeliai.

Grafas Šuazelis buvo Rusijos caro Pavlo kariuomenės karininkas, už gerą tarnybą gavęs iš pastarojo Platelių miestelį, kur turėjo pasistatęs dvarą ir aplinkines žemes. Dirbo baudžiauninkai. Sienų storis — iki 2 m. akmenų mūro. Žmonės prisimena, kad vienas prasikaltęs baudžiauninkas buvo įmūrytas malūno sienoje. Malūnas — L raidės plano. Jo išsikišusioje dalyje, antrame aukšte, buvo įrengta vilnų karšykla. Malūno sienos storos: iš lauko akmuo, viduje - mūrytos plytos.

Viename malūno gale gyveno malūnininkas, kitame buvo malūnas. Tarp malūno ir gyvenamųjų patalpų yra išlikęs senoviškas kaminas, kur prie angos, ant geležinio trikojo buvo gaminamas valgis. Duonkepis, buvęs virtuvėje ir kamine, neišliko. Yra išlikusi originali pieno spinta.

Apie Babrungėnų malūną, priklausiusį grafii Šuazeliui, pasakojama tokia istorija (gaila, nenurodytas pasakojimo laikas). Grafas, iš jam priklansiusio Platelių ežero, Babrungo upės vandenį nustatytam laikui išnuomodavo žemiau esantiems malūnams. Pagal susitarimą vanduo turėdavo tekėti visą laiką. Sykį, sustabdžius jo bėgimą, malūnininkai papirko Platelių miestelėnus, ir jie išgriovė Babrungėnų malūno užtvanką.

Tarpukario metais, modernizuotas Babrungėnų malūnas buvo perduotas Plungės pramkombinatui, kuriam priklausė visi rajono malūnai. Apie 1950 m. prie malūno buvo pastatytas ūkinis pastatas, apie 1960 m. - ištiesinta Babrungo vaga, perstatytas senasis medinis tiltas (vėliau, dengiant asfaliuotą kelio dangą, medinis tiltas buvo visai panaikintas). Malūno girnas pradėjo sukti dyzelinis variklis. Pramkombinatas, vėliau - "Minijos" įmonė, perdavė malūną Didvyčių kolūkiui. Malūnas veikė iki 1977 m.

1989 m., per didžiausius vargus, gaunant įvairių valdžios institucijų leidimus, visai apgriuvusį malūną nusipirko dailininkas Leonardas Černiauskas. Septynerius metus restauravęs, jame įkūrė savo tapybos ir medžio drožinių Meno galeriją - kūrybines dirbtuves. Babrungėnų vandens malūnas yra vienintelis malūnas Žemaitijos nacionaliniame parke, paskelbtas architektūros paminklų.