Linkuvos dvaro ištakos siekia XVI a. pirmąją pusę. Žinoma, jog tuomet jis priklausė bajorui Jonui Vydrai. XVII a. dvarą valdė Mlodzianovskių giminė. 1660 m. jėzuitas Andrius Mlodzianovskis dalį dvaro padovanojo Kauno jėzuitų kolegijai. 1773 m. dvaras atiteko valstybės iždui. Dvarą XVIII a. kurį laiką valdė pavieto iždininkas Mykolas Končius, vėliau dvarą įsigijo bajoras Juozapas Fergisas, kuris dvaro rūmus perstatė į trijų aukštų svirną. Nuo 1797 m. dvaro valdytojas buvo Anupras Zabiela. Yra žinoma, jog XX a. pradžioje dvarą valdė Strumilų šeima. Per Pirmąjį pasaulinį karą jame vokiečiai buvo įrengę belaisvių stovyklą, per karą mediniai dvaro rūmai sudegė.