Šaltiniuose ir literatūroje nurodoma, kad žydai Linkuvoje pradėjo kurtis XVIII a. Teigiama, jog 1883 m. Linkuvoje kilus gaisrui (kitų šaltinių teigimu - 1890 m.), sudegė ir medinė sinagoga. 1890 m. (data sinagogos frontone - 5650 pagal žydų kalendorių) pastatyta nauja mūrinė sinagoga. 1959 m. sinagogoje buvo įrengtas kino teatras. Šiuo metu nebenaudojama.