Viso Liškiavos architektūrinio ansamblio dominantė ir puošmena – Švč. Trejybės bažnyčia, nuostabus vėlyvojo baroko statinys. Bažnyčioje išlikę paminkliniai 1899 m. vargonai, pagaminti Varšuvoje lenkų meistro Šimanskio. Jie pastatyti vyskupo A. Baranausko vizitacijos garbei. Šiais vargonais 1899 m. grojo K. Čiurlionis (1851–1914), garsaus menininko M. K. Čiurlionio tėvas.

Prieš pagrindines šventovės duris stovi šv. Agotos – saugotojos nuo gaisrų ir žaibų skulptūra, nes 1808 m. į bažnyčią trenkė žaibas, pažeidė kupolą ir sudegino stogą. 1996 m. kan. Valiaus Zubavičiaus rūpesčiu senoji šv. Agotos skulptūra perkelta į bažnyčią jos vietoje pastačius statulos kopiją, sukurtą skulptoriaus Alfonso Vauros. Pastarasis paminklas bei minėtieji statiniai, kaip kompleksas, įtrauktas į Lietuvos Respublikos kultūros vertybių registrą bei yra saugomas valstybės.