Markučių dvaras minimas dokumentuose nuo 1712 m., iki to meto ši vietovė buvo vadinama Sakalaičiais arba Svistapole. XVI a. Markučiai priklausė didiesiems Lietuvos kunigaikščiams ir turėjo du didesnius centrus: Guriuose ir arčiau Vilnios. Karalius Jogaila dalį šių žemių priskyrė aukštutinės pilies Šv. Martyno bažnyčios klebono išlaikymui. Kitame šimtmetyje kunigaikštis Aleksandras Jogailaitis Markučių dvarą padovanojo savo žmonai Elenai, kuri čia pasistatė vasaros rūmus. Po kunigaikštienės mirties, apie 1540 m., Markučiai perėjo didikų Kiškų nuosavybėn. Vilniaus vaivados Stanislovo Kiškos našlė, kuri buvo Žemaičių seniūno Jono Radvilos dukra, Ona Radvilaitė Kiškienė Markučiuose pastatė rūmus, kurių griuvėsius kasinėjo A. H. Kirkoras su grafu Eustachijumi Tiškevičiumi. Beje, tyrimų metu buvo atkasti rūmų pamatai, rasta puošnių koklių su herbais ir raidėmis. Dukrai Elžbietai Kiškaitei ištekėjus už Kristupo Chodkevičiaus, Markučiai perėjo Chodkevičių giminės nuosavybėn, kurią jie valdė beveik du šimtmečius. Grafas Aleksandras Chodkevičius XIX a. pradžioje, pristigęs pinigų, už penkis ar šešis tūkstančius sidabro rublių pardavė Markučių valdą tuometiniam Vilniaus iždininkui Juozapui Eismuntui, kuris vėliau pardavė dvarą daktarui Ignui Godlevskiui. 1867 m. Markučius nupirko Rusijos kelių inžinierius Aleksiejus Melnikovas, kuris 270 hektarų dvarą su visais statiniais, miškais, vandens telkiniais bei vasarnamiais padovanojo dukrai Varvarai Melnikovai.

Nenusisekus pirmajai santuokai, Varvara antrą kartą ištekėjo už Puškino sūnaus Grigorijaus ir buvo paskutinė Markučių dvaro savininkė. Nuo 1899 m. Grigorijus ir Varvara Puškinai nuolat gyveno Markučiuose. Čia augo reti medžiai, didelis vaisių sodas, buvo kroketo aikštelė, vyno rūsys, ąžuolų ir tvenkinių apsuptyje stovėjo pavėsinės, atokvėpio aikštelės. Sodo teritorija buvo aptverta medine tvora, prie įėjimo stovėjo kryžius. Dvaro parkas užėmė 15 hektarų plotą, buvo gražiai prižiūrimas - turėjo 4 tvenkinius, oranžerijoje augo palmės, fikusai, rožės, kaktusai. Sodybos ūkiniai pastatai buvo pakalnėje, arčiau Vilnios: stovėjo arklidės, medinė ledainė, paukštidė, sodo namelis. Dvaro žemėse buvo daug vasarnamių, kuriuos G. ir V. Puškinai nuomodavo.Ypač sunkiai Varvarai sekėsi valdyti didžiules žemes paskutinįjį jos gyvenimo dešimtmetį. Po I pasaulinio karo ir Rusijos revoliucijos Markučių dvaras neatsigavo, Varvara kasmet pardavinėjo žemės sklypus, apie 1932 m. asmeniškai valdė ir naudojosi tik 5,6 hektarais ir paliko dvarą skolose bei teisminiuose ginčuose.

Varvara mirė 1935 m., jos valia, ketvirtajame dešimtmetyje vasarnamyje buvo įkurtas Literatūrinis A. Puškino muziejus. Muziejaus pastate saugomi išlikę šeimos baldai, daiktai, turtinga biblioteka, meno kūriniai, dalis šeimos archyvo. Parke yra Melnikovų šeimos kapinaitės, greta stovi šv. Varvaros koplyčia, išlikusios alaus daryklos liekanos.