Piliakalnis įrengtas Minijos kairiajame krante, santakoje su mažu Pilės upeliu esančios masyvios kalvos Š dalyje. Aikštelė trikampė, pailga Š-P kryptimi, 60 m ilgio, 40 m pločio P krašte, 3 m žemesniu plokščiu Š galu. Jos P krašte supiltas 2 m aukščio, 15 m pločio pylimas, kurio išorinis 3,5 m aukščio šlaitas leidžiasi į 6 m pločio, 0,5 m gylio griovį, už kurio supiltas antras 1 m aukščio, 5 m pločio pylimas. Už jo iškastas antras tiesus 60 m ilgio, 3,5 m pločio, 0,5 m gylio griovys, už kurio kyla trečias 1 m aukščio nuo griovio dugno, 7 m pločio pylimas. Jo išorinis 0,3 m aukščio šlaitas leidžiasi į trečią 3,5 m pločio, 0,3 m gylio griovį, už kurio kyla 0,5 m aukščio, 5 m pločio ketvirtas pylimas. Už šio pylimo iškastas ketvirtas 3,5 m pločio, 0,3 m gylio griovys ir supiltas penktas 0,5 m aukščio, 5 m pločio pylimas. Bendras Martynaičių piliakalnio gynybinių įtvirtinimų plotis yra 22 m. Šlaitai vidutinio statumo, 25 m aukščio. ŠR aikštelės dalis išslinkusi, išoriniai pylimai beveik sunaikinti arimų. Piliakalnis apaugęs lapuočiais. Į P nuo piliakalnio 2,3 ha plote yra papėdės gyvenvietė (tyrinėta 1994 m.). Jos 50-60 cm storio kultūriniame sluoksnyje rasta gludintos ir žiestos keramikos, akmeninis galąstuvas. Piliakalnis datuojamas I tūkst. - XIII a.