Medinės architektūros centras savo veiklą pradėjo kaip Vilniaus memorialinių muziejų direkcijos padalinys – Medinės miesto architektūros muziejus (MMAM). Muziejus pirmiesiems lankytojams duris atvėrė 2022 metais. Nuo to laiko čia veikia nuolatinė ekspozicija, kviečianti tyrinėti Vilniaus medinės architektūros praeitį, dabartį ir ateities perspektyvas. Be to, centras teikia konsultacijas medinių namų savininkams ir organizuoja laikinas parodas. Mokiniams ir jauniausiems lankytojams Medinės architektūros centras siūlo specialias edukacines programas, padedančias geriau pažinti medinę architektūrą.
2025 m. muziejus tapo Medinės architektūros centru – Vilniaus miesto muziejaus padaliniu. Tais pačiais metais Vilniaus miesto savivaldybė centrui perdavė du medinukus Šnipiškėse – Giedraičių g. 24 ir Kintų g. 10. Ateityje pirmajame turėtų įsikurti Šnipiškių gyventojų veiklų centras, o antrajame – medinių pastatų detalių restauravimo dirbtuvės, kuriose medžio meistrai teiks konsultacijas medinių namų savininkams.
Medinis namas Polocko g. 52 pradėtas statyti 1876 m., kai miesto pareigūno našlė Maria Szulska iš Vilniaus stačiatikių Šv. Dvasios vienuolyno išsinuomojo sklypą Užupio rytinėje dalyje. Vieno aukšto medinis namas su ūkiniu pastatu buvo pastatytas pagal inžinieriaus Ivano Levickio brėžinį. 1887 m. Marijos sūnus Bolesławas Szulskis pagal inžinieriaus Aleksandro Antonovičiaus projektą pristatė antrąjį namo aukštą – mezoniną.
1939 m. sklypą su statiniais iš Vilniaus stačiatikių Šv. Dvasios vienuolyno išsipirko Janas Czepas su šeima. Jo vardas išliko ant medinės namo numerio lentelės, kurios kopija eksponuojama autentiškoje vietoje, ant pietinio fasado, o originali lentelė saugoma Medinės architektūros centro rinkinyje. Šis medinukas buvo statytas kaip gyvenamasis namas ir iki pat muziejaus įrengimo išlaikė savo pirminę funkciją – jame buvo įrengti net 5 butai. 2006 m. jis įtrauktas į Kultūros vertybių registrą. 2012 m. nustatyta, kad namas yra avarinės būklės, tačiau gyventojai iškelti tik 2017 m., Vilniaus miesto savivaldybei išpirkus butus.
Pastato rekonstrukcija prasidėjo 2019 metais. 2022 m. tvarkybos darbai buvo baigti, o tų pačių metų gegužės 18 d. duris atvėrė Medinės miesto architektūros muziejus – Vilniaus memorialinių muziejų direkcijos padalinys.
Ekspozicija neapsiriboja praeitimi ir paveldu – ji taip pat pasakoja apie šiandienos ir ateities medinę architektūrą. Centre pristatomi šiuolaikinių medinių statinių iš viso pasaulio modeliai – nuo vaikų darželio Japonijoje iki dangoraižio Norvegijoje. Ši ekspozicijos dalis padeda suvokti, kaip medinė architektūra evoliucionuoja, įgaudama modernias formas, tačiau išlikdama tvari ir artima žmogui.
Vis dėlto svarbiausias Medinės architektūros centro eksponatas yra pats centro pastatas. Ilgai apleistas stovėjęs unikalus, XIX a. medinis namas su įspūdingais drožiniais, buvo restauruotas 2019–2022 metais. Aukšto lygio meistrai, naudodami autentiškas technologijas, išsaugojo apie 80 proc. išorės dekoro detalių ir 70 proc. autentiškų sienų bei konstrukcijų. Taip pat buvo išsaugota, konservuota ir iš dalies restauruota interjero sienų puošyba, o neišlikę pastato elementai pakeisti detalėmis iš kitų nugriautų medinių pastatų.
Medinės architektūros centras (tuomet vadintas Medinės miesto architektūros muziejumi) 2023 m. pelnė prestižinį „Europa Nostra“ kultūros paveldo apdovanojimą. Pasivaikščiojimas po atgimusį Vilniaus medinuką gali įkvėpti ne ką mažiau nei jame įsikūrusio muziejaus ekspozicija. Joje darniai susipina kultūros paveldas, tvarumas ir ateities vizijos – medinis miestas atgyja kaip jautri, kvėpuojanti sistema, kurioje svarbus kiekvienas prisilietimas, žingsnis ir mintis.