Šiaulių klebono Liauksmino rūpesčiu 1677 m. Meškuičiuose pastatyta medinė bažnyčia. Sunykusi bažnyčia 1792 m. atstatyta. XIX a. (iki 1863 m.) veikė parapinė mokykla. 1844 m. įsteigta parapija. Bažnyčia 1857 m. gerokai remontuota ir dekoruota. Gyventojai 1893 m. prašė Vilniaus generalgubernatoriaus leidimo pasistatyti mūrinę bažnyčią. Valdžia leido statyti tik medinę. Tokios parapijiečiai nenorėjo. Kai 1896–1899 m. bažnyčių atstatymui nereikėjo valdžios leidimo, Meškuičiuose per 1897 metus pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia (rūpinosi klebonas Kazimieras Gaudesius). Ją 1920 m. konsekravo vyskupas Pranciškus Karevičius. Po Antrojo pasaulinio karo iš Meškuičių į Kryžių kalną (6 km) eidavo maldininkų procesijos.