1786 m. Milašaičiuose pastatoma medinė koplyčia, dabartinė bažnyčia statyta 1855 m., tačiau XX a. pradžioje rimtai remontuota ir įgavo dabartinę išvaizdą. Šiandien Milašaičų bažnyčia priklauso Girkalnio parapijai. Bažnyčia liaudies architektūros bruožų, stačiakampio plano su apside. Bažnyčią puošia du bokšteliai, šventoriuje yra kapinės.