1863 m. pavasarį Lietuvoje prasidėjo sukilimas prieš carinės Rusijos priespaudą (carinio teismo teigimu, A. Mackevičius pirmasis iškėlė sukilimo vėliavą Lietuvoje). A. Mackevičius pirmasis išsakė nepriklausomos Lietuvos idėją. Kovo 20 d. Paberžės bažnyčioje jis perskaitė sukilėlių manifestą, kuriame gyventojai raginami sukilti, kad būtų atkurtas nacionalinis valstybingumas, pripažintos liaudies pilietinės teisės, nemokamai suteikta žemės. Po to jis nuskubėjo į kleboniją, kur nusimetęs sutaną apsivilko trumpais kailiniais, susiveržė diržu ir prisikabino pistoletą. A. Mackevičius surinko apie 250 ginkluotų žmonių būrį ir ėmė jam vadovauti. Medžiokliniais šautuvais ir dalgiais ginkluotus 8-15 tūkstančių sukilėlių malšino beveik 145 tūkstančiai caro kareivių. 1863 m. lapkričio 26 d. netoli Vilkijos, Lebedžių kaime, įvyko paskutinis A. Mackevičiaus sukilėlių būrio mūšis. Gruodžio 17 d. kunigas suimtas ir pristatytas į Kauno kalėjimą (dab. Maironio namas). Atsisakius išduoti sukilimo vadus, Michailo Muravjovo nutarimu sukilėlių vadui paskirta mirties bausmė pakariant. Nuosprendis įvykdytas Kaune, Ožeškienės g. 1863 m. gruodžio 28 d.