1602 m. grafas Zabiela pastatė bažnyčią, Žemaičių vyskupas Merkelis Giedraitis paskyrė šiai bažnyčiai kunigą, o Lietuvos didysis kunigaikštis Zigmantas Vaza užrašė fundaciją. Ji buvo Alsėdžių, vėliau – Telšių parapijos filija. 1679–1842 m. Nevarėnai priklausė Telšių klebonui. 1785 m. pastatyta dabartinė medinė bažnyčia. Nuo 1814 m. veikė parapinė mokykla. Blaivybės įvedimo proga 1858 m. kapinėse pastatyta akmenų mūro koplytėlė. 1911 m. įkurta parapija.

Bažnyčios viduje gana daug senų sakralinės dailės paminklų. Liaudiški, vietinių meistrų darbo altoriai. Jie turi klasicizmo ir ampyro stiliaus bruožų. Didžiajame altoriuje įkomponuota skulptūrinė Nukryžiavimo grupė: Švč. Mergelė Marija, Veronika ir Magdelena. Viename šoniniame altoriuje yra Šv. Simono ir Judo Tado, kitame – Šv. Jurgio paveikslas. Vienas iš vertingesnių, kabančių ant sienos, yra Šv. Romualdo paveikslas. Tai romantizmo epochos tapybos pavyzdys, sukurtas dailininko A. Čapskio 1839 m.

Bažnyčia vienanavė, liaudies architektūros formų, netipiško kryžminio plano, lubos ir sienos tapytos. Pagrindinis fasadas užbaigtas stoginuku, atskirtas frontonas, virš jo – keturkampis beveik neproporcingai mažas bokštelis su piramidiniu stogeliu. Šventoriaus tvora akmenų mūro. Jame stovi dviaukštė medinė varpinė (XVIII a.); čia palaidotas Nevarėnų klebonas Valentinas Šikšnys (1914–1984 m.), 1948–1955 m. Sibiro kalinys, pastatytas paminklas Žemaitijos partizanams, už Lietuvos laisvę žuvusiems 1957 m.