Pirmoji bažnyčia minima 1526 m. Manoma, kad ji XVI a. pabaigoje priklausė evangelikams reformatams, nes Onuškio palivarko savininkas 1611 m. ją grąžino katalikams. 1655 m. bažnyčia sudegė. 1673 m. buvo klebonija ir nauja prieglauda. Bažnyčia atstatyta po 1674 m. 1797 m. ji buvo labai sena ir sutrešusi, 1820 m. šiek tiek remontuota, 1823 m. sugriuvo. Toje pačioje vietoje 1823–1829 m. dvarininko K. Šetkevičiaus rūpesčiu pastatyta dabartinė plytų ir akmenų mūro bažnyčia. Gyventojai prašė lietuviškų pamaldų, tačiau 1832 m. vyskupo paskirta komisija nustatė, kad parapijiečiai namuose kalba lietuviškai, bet meldžiasi lenkiškai, todėl lietuviškos pamaldos nereikalingos. Jos tik iš dalies pradėtos nuo 1893 m. XX a. pradžioje kurį laiką čia vargonininkavo Kipras Petrauskas. 1927–1939 m. klebonavo Kazimieras Čibas. Jis rūpinosi parapijiečių blaivumu, religine ir kultūrine pažanga, rūpestingai tvarkė parapijos ūkį. 1939–1953 m. čia klebonavo Nikodemas Švogžlys-Milžinas.

Bažnyčia vėlyvojo klasicizmo, turi romantizmo bruožų, halinė, stačiakampio plano, su 6 dorėninių kolonų portiku. Vidus 3 navų. Cilindrinius skliautus laiko 4 poros kolonų. Šventorių juosia akmenų mūro ir plytinių stulpelių tvora. Jame yra medinė varpinė. Šventoriuje 1993 m. birželio 14 d. palaidoti Lietuvos nepriklausomybės akto signataro, 1941 m. tremtinio Donato Malinausko, jo žmonos ir sesers (mirusių Altajuje) palaikai.