Pirmoji Panemunėlio bažnyčia pradėta statyti 1771 m. ir buvo medinė. Dabartinė šv. Juozapo globos bažnyčia pastatyta 1911 m. Darbais rūpinosi ir juos prižiūrėjo Jonas Katelė. Bažnyčia sumūryta iš raudonų plytų, panaši į neogotikinę, bazilikinę. Beje, Panemunėlio bažnyčios bokštas yra išskirtinis, nes tokio dvišakio bokšto neturi nei viena Lietuvos bažnyčia. Jis simbolizuoja Lietuvos-Lenkijos uniją. Bokšto aukštis – 52 m.