Panemunio buvusio dvaro sodyba su parku ir senovės gynybiniais įtvirtinimais, vadinami Pilies kalnu, užima 17,8 ha. Jau XVI a. Panemunio centre būta didelės gyvenvietės – dvaro ir miestelio kairiajame Nemunėlio krante. Žinoma, kad Nemunėlio upe nuo seno ėjo prekybos kelias su Livonija. 1598 m. Panemunio valsčius atiteko kunigaikščiui Jurgiui Masalskiui. Dvarą 1635 m. nupirkus Oziemblovskiams, jis iš priešingos upės pusės perkeliamas prie Pilies kalno. 1773 m. dvaras atiteko Morikoniams, kurie jį rekonstravo. Dar kartą XIX a. viduryje Komarai dvaro ansamblį rekonstravo. 1924 m. dvarą nusipirko Osvaldas Laučiškis. Tai buvo reprezentaciniai rūmai su vertingais, savitais Liudviko XV stiliaus salonais bei neogotiškais kabinetais, biblioteka. Iki 1993 m. rūmuose veikė mokykla. 1993 m. rūmai grąžinti Osvaldo Laučiškio palikuonims. Šiuo metu Panemunio dvaras prie sunykimo ribos, neprižiūrimas.

2016 m. gruodžio 4 d. dvare įvyko gaisras, sudegė dvaro rūmų vidurinės dalies perdanga ir stogas.