Iš pradžių nedidelė medinė šventykla Rokiškio mieste buvo pastatyta 1895 m. už valstybės lėšas. Tačiau nuolatinė parapija prie šventyklos buvo suformuota tik 1903 m. Pirmojo pasaulinio karo metais vokiečiai šventykloje įrengė ligoninę. 1921 metais pamaldos vykdavo nuo balandžio iki gegužės, tačiau tuomet Vidaus reikalų ministerija bažnyčią perdavė katalikams. Katalikų vyskupas P. Karevičius ir kunigas M. Jankauskas tuo dirbo nuo 1919 m. Stačiatikių bažnyčia buvo rekonstruota į Šv. Augustino bažnyčią moksleiviams.

Vyskupijos taryba paprašė grąžinti šventyklą ir jos turtą. Nuo 1933 m. kunigas Grigorijus Vysotskis savo namuose atliko pamaldas. 1939 m. gegužės mėn. šventojo didiko kunigaikščio Aleksandro Nevskio vardu buvo pašventinta nedidelė nauja bažnyčia, užėmusi dalį kunigo namų (parapija gavo kompensaciją už senąją bažnyčią). Vyskupijos tarybos duomenimis, 1937 m. buvo 264 nuolatiniai parapijiečiai.

1946 metais buvo 90 parapijiečių. Aleksandro Nevskio parapiją sovietų valdžia oficialiai įregistravo 1947 m. bažnyčioje Šv. Augustino, valdžia įrengė sporto salę, o 1957 metais bažnyčios pastatas buvo nugriautas.