Manoma, kad koplyčia Salose jau buvo iki 1775 m, 1781 m. vienas grafų Morikonių pastatė bažnyčią ar koplyčią, 1792 m. pradėtos rašyti gimimo metrikų knygos. 1859 m. bažnyčia buvo medine, sena, dengta šiaudais, turėjo 2 altorius. Šventorius aptvertas statinių tvora (pamatai mūriniai). 1867 m. pristatytos 2 zakristijos, suremontuoti vargonai, pakabinti varpai. Pagal architekto Georgo Vernerio (Werner) projektą nauja dabartinė bažnyčia kunigo Kušleikos rūpesčiu pastatyta 1887–1888 m. Statybą parėmė grafienė M. Pšezdeckienė. Bažnyčios bokšte pakabinti 2 varpai. 1889–1901 m. įrengti altoriai.

1907 m. sudarytas Salų bažnyčios cirkulas. Prieš Pirmąjį pasaulinį karą veikė Lietuvių katalikų blaivybės ir kitų draugijų skyriai. 1908 m. įsteigtas parapijos knygynėlis. Per Pirmąjį pasaulinį karą gerokai nukentėjo bažnyčios sienos, skliautai, nugriauti viršuje buvę bokšteliai. 1923 m. bažnyčia apdengta, 1939 m. gerokai remontuota. Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčią remontavo klebonas Petras Nykštas. 1975 m. pataisyta šventoriaus mūrinė tvora su 3 mediniais vartais. Klebonas Jonas Morkvėnas (1907–1981) pastatė kleboniją. Bažnyčia neogotikinė, kryžminio plano (32x23,5 m.), vienabokštė, su bokšteliais. Yra 3 altoriai. Šventoriaus tvora akmenų mūro.