Pirmąją Šaukėnų bažnyčią apie 1497 m. pastatydino dvarininkai Mikalojus ir Margarita Šemetai. Reformacijos sąjūdžio metu perduota evangelikams reformatams, kai jų kunigui 1584 m. dovanoti 6 valakai žemės (evangelikams reformatams priklausė iki XVII a. pradžios). Nauja bažnyčia pastatyta 1632 m., kita – 1763 m. Nuo 1803 m. veikė parapinė mokykla. 1820 m. bažnyčia turėjo valaką žemes. 1909–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės draugijos skyrius. Prieš Pirmąjį pasaulinį karą pastatyta nauja bažnyčia per Antrąjį pasaulinį karą sudegė. 1947 m. pastatyta nauja medinė, karkasinė bažnyčia. Dabartinė mūro bažnyčia pastatyta 1989 m.

Šaltiniuose minima, jog vartų nišoje stovėjo polichromuota Šv. vyskupo Stanislovo statula, tarpukariu - Skausmingosios Dievo Motinos ir Šv. Florijono statulėlės. Šiuo metu nišoje yra medinis kryžius su medine Nukryžiuotojo skulptūrėle, šventoriaus pusėje - Aušros vartų Dievo Motinos tapytas (?) atvaizdas.