Senieji Trakai įkurti valdant Lietuvos didžiajam kunigaikščiui Gediminui (apie 1275-1341 m.). 1316 m. čia iš Kernavės buvo perkelta valstybės sostinė ir pastatydinta pilis. Senieji Trakai yra Lietuvos didžiojo kunigaikščio Vytauto (1350-1430) gimtinė. 1405 m. pilies teritoriją kunigaikštis Vytautas padovanojo benediktinų vienuoliams, kurie joje įkūrė ir pastatė vienuolyną su bažnyčia. XVI a. vid. Senieji Trakai buvo pertvarkyti į gatvinį valakinį kaimą.