Pirmoji bažnyčia Šiaulėnuose pastatyta 1514-1518 metais. Dabartinė mūrinė bažnyčia, turinti romaninės ir gotikinės architektūros bruožų, pastatyta 1857 metais Jono Šemetos iniciatyva. Bažnyčia suprojektavo Fulgentas Rimgaila. 1938 m. buvo įrengti marmuriniai altoriai, išdažytas bažnyčios vidus. Bažnyčia turi romaninės ir gotikinės architektūros bruožų, yra stačiakampio plano, dvibokštė. Vidus 3 navų, skliautuotas. Šventorių juosia metalinė ažūrinė tvora.