Praėjus keleriems metams po Šiaulių bažnyčios pastato pašventinimo 1634 m., miestiečių prašomas, karalius Vladislovas Vaza leido bažnyčios bokšte įrengti laikrodį. Laikrodis Lietuvos bažnyčiose – retas reiškinys. Jį įsirengti įstengdavo ne kiekvienas miestas ar miestelis, nepigiai kainuodavo ir jo išlaikymas. 1676 m. vizitacijos dokumente minimas šalia didžiojo varpo įtaisytas valandas mušantis įrenginys, vadinamas cimbolais. Laikrodis buvo penkto (tada viršutinio) tarpsnio vidury, po arkine anga. Jo apskritas ciferblatas dar matomas A. Römerio 1868–1869 m. piešinyje. Po 1880 m. žaibo sukelto gaisro laikrodis nebeatstatytas.

Pietiniame bažnyčios fasade iki šiol išlikęs saulės laikrodis. Tai metalo strypelis, nuo kurio krintantis šešėlis rodo laiką tarp 7 val. ryto ir 5 val. vakaro. Šio laikrodžio įrengimo data nežinoma. Istoriografijoje įsivyravusi nuomonė, jog tai vienas seniausių saulės laikrodžių Lietuvoje, paprastai nurodant 1625 ar vėlesnius metus. Bet greičiausiai jis įrengtas daug vėliau, 1880 m. netekus mechaninio laikrodžio.